<ul>
<li>Au GO : suppression de la gambe 8 et du basson 8, remplacés par une flûte 4 (à cheminée dans les graves, conique dans les dessus) et une fourniture IV-V comprenant les rangs 2 2/3 et 2.</li>
<li>Au positif : La fourniture existante (4 rangs, commençant 2 + 1 1/3 + 1 + 2/3, terminant 4 + 2 2/3 + 2 + 1 1/3) est qualifiée de très grave, et serait remplacée par une cymbale complémentaire de la fourniture du GO. Remplacement de la flûte octaviante 4, jugée de trop grosse taille, par une flûte 4 à cheminées dans les graves et ouverte dans les dessus, plus à même de compléter le bourdon 8. Suppression de l'Unda Maris et remplacement par une pièce gravée supportant des mutations larges 2 2/3, 2, 11 1 3/5 et 1 1/3 pour former un cornet en rangs séparés.</li>
<li>Pas de changement au récit (note manuscrite de Jean Cau : "plein jeu ?")</li>
<li>Pédale : remplacement de la viole 8 par un bourdon 8, et flûte 4 (du positif) sur un sommier neuf, plus une fourniture de 4 rangs (5 1/3, 4, 2 2/3, 2) et un clairon 4.</li>
</ul>
Pascal propose une réharmonisation par Jean Perroux, ancien de la maison Cavaillé-Coll, pour préserver le caractère de l'instrument ; annotation de Jean Cau : "Non".
Projet de restauration de l'orgue par Philippe Hartmann en 1976<ref>Fonds Hartmann : archives départementales du Jura, fonds 159J</ref>.
Restauration par Philippe Emeriau (Angers), 1993-1995. Inauguration les 1° et 4 décembre 1995 par Sophie Rétaux, Philippe Lefebvre et Antoine Drizenko.