À la fin du XIXème siècle, l'orgue étant en mauvais état, plusieurs facteurs sont consultés en vue de sa restauration, parmi lesquels les frères Abbey, [[Schyven]] et [[Stoltz]].
C'est finalement [[Cavaillé-Coll|Aristide Cavaillé-Coll ]] qui reconstruit l'orgue de 1887 à 1889. Harmonisé par Glock et inauguré par [[Guilmant, Alexandre|Alexandre Guilmant]], l'orgue jouissait alors d'une grande réputation pour la qualité de ses timbres. Il comportait trois claviers de 56 notes et pédalier de 30 notes ainsi composés :
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Accouplements GO, Positif/GO, Récit/GO, Récit/Positif à l'unisson, Positif/GO et Récit/GO à l'octave grave. Tirasses Positif, GO, Récit. Appel anches Positif, GO, Récit, Pédale. Trémolo Positif et Récit.
En 1914, le ministre des Beaux-Arts ordonne le démontage de l'orgue, rapidement effectué par les pompiers de Paris aidés de [[Van den Brande|Félix Van Den den Brande]], facteur à Amiens, puis stocké au château d'Eu avec une partie du mobilier.
Contrairement à certaines rumeurs, le démontage de l'orgue et son stockage se déroulèrent sans anicroche.