L'instrument est en très mauvais état et quasiment muet dans les années 1920. Albert Alain fréquentant régulièrement Valloires avec sa famille, rafistola la mécanique restée trop longtemps à l’abandon. Cet orgue fut une source d'inspiration pour Jehan Alain.
Par la suite, Geoffroy Asselin effectua des travaux dans les années 1970. Il installa une mixture au positif remplaçant une flûte 8 et une anche libre tout en supprimant quelques jeux.
L'instrument fut classé MH en 1987. La restauration-reconstitution est réalisée par [[Haerpfer|Théo Haerpfer ]] en 1993 visant un retour à l'orgue des Basiliens. [[Hartmann, Philippe|Philippe Hartmann ]] en a assuré l'harmonisation. L'instrument fut inauguré par Marie Claire Alain.
== Console ==